В начале XVII в. православные братства по-прежнему играли исключительно важную роль в религиозной жизни Западной Руси. Они продолжали деятельность, начало которой было положено задолго до унии и которая фактически компенсировала собой бездействие коррумпированного епископата. После 1596 г., когда в Православной Церкви Западной Руси осталось всего лишь два архиерея, этот опыт оказался еще более востребованным. По-прежнему главным стрежнем деятельности братств являлись издательское и школьное дело.
В период борьбы с унией возникает и ряд новых братств. В их числе - Киево-Богоявленское, особенно знаменитое своей школой. Православное братство в Киеве возникло скорее всего в 1590-е гг. Однако заметное влияние на церковную жизнь Западной Руси оно начинает оказывать лишь после того, как в 1615 г. был основан Братский Богоявленский монастырь. Он был возведен на земельном участке на киевском Подоле, который подарила братчикам Елизавета (Галшка) Гулевич. Супруга Мозырского маршалка Стефана Лозки, Галшка в первом браке была замужем за Христофором Поцеем, сыном будущего униатского митрополита. В отличие от семьи Поцеев, в которой господствовали униатские настроения, Галшка оставалась верна Православию. По этой причине она серьезно рассорилась с родней первого мужа. Возможно, что передача собственного наследственного владения под православный монастырь мыслилась Галшкой Гулевич как своего рода компенсация за урон, нанесенный православным киевлянам со стороны ее свекра - униатского митрополита Ипатия, захватившего в Киеве ряд храмов.
На пожертвованной земле братство основало (или возобновило) монастырь, который был освящен во имя Богоявления Господня. При обители была создана школа, которой впоследствии будет суждено перерасти в знаменитую Могилянскую коллегию, и далее - в академию. Ктитором Братского Богоявленского монастыря стал гетман реестрового казачества Петр Конашевич-Сагайдачный, который украсил обитель великолепным Богоявленским собором (строительство храма было окончено около 1620 г., позднее он был перестроен на средства гетмана Мазепы; уничтожен по решению советских властей в 1935 г.).
Обитель вскоре заняла весьма видное положение в Киевской митрополии. Подобно Львовскому и Виленскому братствам, Киево-Братский монастырь получил от Константинопольского патриарха право ставропигии. Первым строителем Братского монастыря стал Исаия Копинский, который перед тем обустраивал Густынскую обитель. Исаия не только начал работы по возведению главных построек в новоучрежденном монастыре, но и дал ему правила для устроения духовной жизни.
Для организации школьного дела Киевское братство привлекло наиболее выдающихся деятелей православной культуры Западной Руси. Первым ректором братской школы стал Иван Матвеевич Борецкий. Православный шляхтич, уроженец села Бирча (или Борча) в Галиции, он ранее был дидаскалом (преподавателем) школы Львовского братства. Позднее Иван Борецкий принял священный сан, переехал в Киев, где снискал себе славу не только своей ученостью, но и высокими духовными качествами. В 1618 г. братия Михайловского Златоверхого монастыря избрала Борецкого своим игуменом, и он принял постриг с именем Иов (его супруга также стала монахиней).
В Киево-Братской школе господствовали ярко выраженные антикатолические настроения, что приводило к доминированию здесь греческой богословской школы и сознательному, хотя и не безусловному, отвержению латинской учености. Это в значительной степени гарантировало школу Борецкого от латино-католического влияния, но в связи с упадком учености и у греков создавало немалые проблемы. Позднее их возьмется решать св. митрополит Петр Могила, который изберет противоположный путь в деле духовного просвещения, сделав его основой именно латинскую ученость, из которой долгим и сложным путем будет высвобождаться древняя православная основа.
Среди богословов, объединившихся вокруг школы Борецкого, было немало видных деятелей духовного просвещения, создавших незаурядные труды. К их числу принадлежали Лаврентий Зизаний, предпринявший попытку создания первого русского катехизиса, и Кирилл Транквиллион-Ставровецкий, также пытавшийся в своих трудах "Учительное Евангелие" и "Зерцало Богословия" систематизировать знания из области православной догматики. Правда, работы Транквиллиона грешили немалыми изъянами и были осуждены в Киеве и Москве как не вполне православные, ибо автор не смог удержаться от опасных латинских заимствований. Кирилл Транквиллион-Ставровецкий крайне болезненно воспринял критику со стороны своих собратий и в конечном счете перешел в униатство.
К кругу Иова Борецкого также принадлежал печерский инок Памва Берында, который прославился составлением первого лексикона церковно-славянского языка. Берында также явился создателем типографии, положившей начало книгопечатанию в Киево-Печерской Лавре. Книжное дело бурно расцвело в этой обители при архимандрите Елисее Плетенецком и стало особенно масштабным со времени Петра Могилы. Елисей Плетенецкий прославился как выдающийся настоятель обители, который вслед за своим предшественником - архимандритом Никифором Туром - не только блестяще отразил все попытки униатов захватить Лавру, но и возродил в ней глубоко духовную монашескую жизнь, собрав вокруг себя многих замечательных подвижников того времени.
Дело его успешно продолжал Захария Копыстенский, также ставший в конце своей жизни Киево-Печерским архимандритом. Захария прославился и как составитель знаменитой "Палинодии" - книги, явившейся по сути первым сводом знаний по церковной истории Руси со времени ее крещения. Труд Захарии сыграл большую роль в развитии полемики православных с униатами. Другое произведение Копыстенского - "Книга о вере единой" - было посвящено обличению протестантизма.
Православное монашество Западной Руси наряду с братствами сыграло колоссальную роль в противостоянии унии. Несмотря на отторжение униатами значительной части крупнейших монастырей, западно-русское иночество находилось в начале XVII в. на стадии духовного подъема, очистившись от наименее стойких элементов. Взамен отобранных униатами возникает множество новых обителей, которые становятся оплотом Православия. В их числе прежде всего следует назвать знаменитую Почаевскую Успенскую Лавру. Считается, что начало монашеской жизни в Почаеве было положено во время Батыева нашествия, когда сюда бежали иноки из Киево-Печерского монастыря (местное предание относит появление первых монахов на горе Почаевской к еще более раннему времени - Х в.). С тех пор здесь постоянно подвизались монахи-отшельники.
Однако общежительной обителью Почаевский монастырь становится благодаря величайшему подвижнику Православной Церкви Западной Руси - преп. Иову Почаевскому. Уроженец Галиции, постриженик прикарпатского Угорницкого монастыря, преп. Иов (в миру православный шляхтич-русин Иоанн Железо) был игуменом в Дубенском монастыре, куда он пришел по просьбе князя Константина Острожского. Однако после кончины Острожского его наследники, перешедшие в католичество, передали монастырь в городе Дубно униатам. Решительно отвергший унию Иов вынужден был удалиться. Он пришел на Почаевскую гору, где некоторое время подвизался как отшельник. Вскоре он стал настолько знаменит среди местных иноков, что по всеобщему настоянию был принужден принять игуменство и заняться устроением Почаевской обители на принципах общего жития. Преп. Иов построил здесь величественный Троицкий собор, учредил типографию, которая сыграла выдающуюся роль в истории Православия Западной Руси в первой половине XVII века. При Иове Почаевском в обитель была возвращена ее величайшая святыня - Почаевская икона Божией Матери, прославившаяся многими чудесами. Великий преподобный, принявший в схиме имя Иоанн, скончался в Почаеве в 1651 г. в столетнем возрасте. Мощи его были обретены совершенно нетленными митрополитом Киевским Дионисием Балобаном и доныне поражают своей исключительной сохранностью.
Тезоименитый преп. Иову Почаевскому Иов Княгининский (ум. в 1621 г.), приобретший опыт монашеской жизни на Афоне, активно возрождал иноческую жизнь в Галиции. Он основал неподалеку от Львова пять новых монастырей. В их числе - Креховский, позднее занятый базилианами и им же переданный в настоящее время. Другой афонский инок западно-русского происхождения - Исаакий Борискович - содействовал оздоровлению православного монашества в обителях Волыни. В отторгнутой поляками от Московского государства Смоленской земле, откуда в Москву ушло все православное духовенство и куда на смену ему ринулись римо- и греко-католики, укреплял в православной вере русское население и возобновлял монашескую жизнь уже упоминавшийся Исаия Копинский. На Левобережной Украине благодаря его трудам появились знаменитые впоследствии Густынский и Мгарский монастыри. Новые православные монастыри были основаны и в Минске.
Титанические труды этих ревнителей Православия привели к тому, что несмотря на непрекращающиеся гонения со стороны католических властей Речи Посполитой в Западной Руси постепенно смогла наладиться полноценная церковная жизнь. Однако живой дух Православия не находил соответствия в канонических формах устроения Церкви. После смерти Гедеона Балобана и Михаила Копыстенского на всю Западную Русь оставался фактически лишь один православный архиерей - епископ Львовский Иеремия Тиссаровский. Однако даже с ним общение для православных из многих областей Речи Посполитой было затруднено в силу происков католиков. По-прежнему православных выручала близость Молдавии и Валахии, куда зачастую отправлялись для поставления в священный сан ставленники из Западной Руси. Но все более ощущалась потребность в восстановлении полноценной иерархической структуры и возобновлении православной Киевской митрополии, что само по себе явилось бы огромной моральной победой православных над униатами. Постепенно стал вызревать план воссоздания православной иерархии в Речи Посполитой, большую роль в оформлении и реализации которого сыграло реестровое казачество во главе с гетманом Петром Сагайдачным. Именно он выступил инициатором приглашения в Киев патриарха Иерусалимского Феофана, прибывшего на Русь для того, чтобы испросить милостыню у царя Михаила Феодоровича. Возвращавшийся 1620 г. из Москвы, где он принял участие в поставлении на патриаршество Филарета Романова, Феофан, имел полномочия от Константинопольского патриарха совершить в Речи Посполитой деяния, необходимые для нормализации там церковной жизни, поврежденной Брестской унией. Феофан получил от короля Сигизмунда III разрешение совершить инспекторскую поездку по православным монастырям, приходам и братствам Западной Руси.
В марте 1620 г. Феофан прибыл в Киев. Его приезд необычайно воодушевил православных, которые стали стекаться в Киев со всей Западной Руси в надежде, что появление здесь Патриарха изменит к лучшему их положение в Речи Посполитой. Патриарх Феофан утвердил своими грамотами уставы новообразованных братств, в том числе - Могилевского, Слуцкого, Луцкого, а также подтвердил все ранее дарованные права прежних братств. И вот, наконец, православными верующими было принято решение ходатайствовать перед Феофаном о поставлении нового православного митрополита Киевского и епископов - взамен уклонившихся в унию. Сагайдачный при этом выступил гарантом того, что за свои действия Феофан не будет подвергнут преследованию со стороны польских властей. Казачество обещало охранять патриарха и обеспечить ему беспрепятственный выезд с территории Речи Посполитой. Феофан дал свое согласие на возобновление иерархии Киевской митрополии в день престольного праздника Киево-Печерской Лавры - Успения Пресвятой Богородицы. После этого Феофан предложил православным русинам самим избрать кандидатов на архиерейские кафедры.
Первая хиротония состоялась 6 октября 1620 г. - во епископа Перемышльского был рукоположен игумен опекаемого казаками Межигорского монастыря Исаия Копинский. Рукоположение было совершено в Богоявленской церкви Киево-Братского монастыря тайно - ночью, при закрытых вратах и занавешенных окнах, при тихом пении единственного певчего. Вместе с Феофаном в хиротонии участвовали Софийский митрополит-грек Неофит и епископ Стагонский Авраамий. Через три дня - 9 октября - там же при аналогичных обстоятельствах состоялась хиротония нового митрополита Киевского, которым стал Иов Борецкий.
Епископом Владимиро-Волынским должен был стать знаменитый Леонтий Карпович, архимандрит виленского Свято-Духова монастыря, выдающийся духовный писатель-полемист. Однако к этому времени он был уже смертельно болен. Леонтий послал к Феофану с выражением признательности своего послушника дидаскала виленской братской школы Мелетия Смотрицкого, который так покорил своей ученостью православных, собравшихся в Киеве, что они ходатайствовали о его поставлении на Полоцкую кафедру. В течение семи недель (с августа по октябрь 1620 г.) Мелетий последовательно был рукоположен во диакона, пресвитера и епископа, после чего был поставлен на Полоцкую архиепископию.
Выехав из Киева в январе 1621 г., Феофан продолжал по дороге рукополагать новых архиереев. В Трахтемировском монастыре он хиротонисал во епископа Владимиро-Волынского и Брестского тамошнего игумена Иезекииля (Иосифа) Курцевича. Правда, выбор этот оказался неудачным: Курцевич зарекомендовал себя как крайний мздоимец и сторонник унии и позднее бежал от гнева православных верующих Западной Руси в Москву. Представив себя жертвой католиков, он исхлопотал себе у патриарха Филарета Суздальскую кафедру, но повел себя в новой епархии столь безобразно, что вскоре был при патриархе Иоасафе I извержен из сана и отправлен в ссылку.
В Белой Церкви патриарх Феофан совершил хиротонию игумена Чернчицкого монастыря Исаакия Борисковича во епископа Луцкого и Острожского. Затем в Животове - имении православного магната князя Стефана Четвертинского - Иерусалимский патриарх рукоположил Паисия Ипполитовича во епископа Холмского. На Пинскую кафедру Феофан назначил епископа Стагонского грека Авраамия. После совершения этих хиротоний патриарх Феофан, сопровождаемый казаками, направился к границе. Здесь произошло его прощание с православными русинами, в ходе которого он разрешил казаков от тяготившего их совесть греха - участия в походе королевича-католика Владислава на православную Москву. Феофан призвал православных твердо стоять в своей вере и еще раз возгласил анафему на епископов, уклонившихся в унию, и всех, клириков и мирян, которые находились в общении с ними. Патриарх свей грамотой утвердил право западно-русских епископов по причине гонений самостоятельно избирать себе митрополита и лишь затем испрашивать благословения на его поставление у Константинопольского патриарха.
Таким образом, православные обрели митрополита и шестерых епископов. Точнее - семерых, так как Феофан признал законным православным архиереем Львовского владыку Иеремию Тиссаровского и не стал поставлять другого епископа на эту кафедру. Тем самым была полностью восстановлена de jure каноническая структура Киевской митрополии в юрисдикции Константинопольского Патриархата. Это был огромный успех православных, что возбуждало жгучую ненависть и ярость униатов. Однако до реального восстановления полноценного канонического порядка во всех православных епархиях, расположенных на территории Речи Посполитой, было очень далеко. Прежде всего этому препятствовал отказ стоявших на стороне униатов властей признать законность Феофановых хиротоний и допустить поставленных им епископов в свои епархии. Лишь на Востоке, где польская власть была слаба и господствовало казачество, митрополит Киевский мог реально осуществлять свою юрисдикцию над своей митрополичьей областью.
На новохиротонисанных православных иерархов с особой яростью ополчился униатский митрополит Иосиф Вельямин-Рутский, которых видел в их поставлении большую угрозу унии. Глава униатской церкви перед лицом короля Сигизмунда III объявил Феофана самозванцем, не имеющим патриаршего сана, и турецким шпионом. На основании такого заявления поставленные Феофаном архиереи также объявлялись незаконными. Иосиф убедил короля издать в 1621 г. универсал, который объявлял преступниками православных епископов и всех тех, кто признавал их и помогал им. Указом Сигизмунда III они были поставлены вне закона. Было предписано подвергнуть аресту всех ставленников Феофана и их помощников. После публикации универсала яростные репрессии против православных охватили в дни Страстной седмицы 1621 г. Вильну, где Вельямин-Рутский особо злобствовал на сплотившего православных Полоцкого архиепископа Мелетия Смотрицкого. Защищаясь, Мелетий издал книгу "Verificatia nevinnosci" ("Оправдание невинности"), в которой доказывал необоснованность обвинений против патриарха Феофана и поставленной им иерархии Киевской митрополии. В ответ базилиане из Троицкого монастыря издали антиправославный трактат под названием "Sowita wina" ("Сугубая вина"). Вслед за этим Свято-Духовская православная и Троицкая униатская типография обменялись целым рядом новых литературных ударов, издав несколько книг, которые вновь оживили литературную полемику по вопросу об унии.
Положение иерархов, поставленных патриархом Феофаном, было весьма тягостным. Практически никто из них так и не смог утвердиться в своих кафедральных городах, где им угрожали репрессии со стороны королевской власти. Лишь один митрополит Иов мог беспрепятственно резидировать в своем кафедральном Киеве под защитой казачества и управлять отсюда делами своей гонимой паствы. Здесь же в Киеве или в окрестных монастырях собрались после отъезда патриарха Феофана почти все поставленные им иерархи.