После завершения работы двух Брестских соборов - православного и униатского, участники которых взаимно предали друг друга анафеме, королю Сигизмунду III надлежало утвердить деяния одного из них. Разумеется, будучи активным устроителем дела Брестской унии, король принял сторону униатов и утвердил деяния их собора. Тем самым Сигизмунд признавал лишенными сана и преданными анафеме всех епископов и священнослужителей, оставшихся верными Православию. Король своим указом от 15 декабря 1596 г. призвал своих русских подданных не слушаться их и не иметь с ними общения, но признавать только перешедших в унию митрополита Михаила Рогозу и епископов-изменников.
Однако требование короля, желавшего, чтобы все его православные подданные приняли унию и подчинились Риму, явилось нарушением существовавших в Речи Посполитой прав и свобод, в том числе и свободы вероисповедания. Брестская уния была введена в государстве исключительно королевской властью, без согласия Генерального сейма. Монархия в Речи Посполитой отнюдь не была абсолютной, магнаты и шляхта имели обширные права, которые существенно ограничивали власть короля. Например, официально за аристократией было закреплено право создавать против короля т.н. "конфедерации" и даже вести военные действия в случае, если он нарушал права магнатерии и шляхты. И хотя в польско-литовском законодательстве царила страшная неразбериха, и существовало множество взаимоисключающих законодательных актов, все же благодаря этому можно было изыскать возможности воспротивиться вводимой в приказном порядке Брестской унии. Прежде всего, оскорбленная покушением на свою религиозную свободу православная шляхта потребовала рассмотрения этого дела на сейме, что и было предпринято вскоре после Собора 1596 г.
В Речи Посполитой имелись все предпосылки к тому, чтобы Православная Церковь, восстановив свою структуру, продолжила свое существование. Помимо декларированной в Польше религиозной свободы, православные могли опереться на четкие канонические основания. Экзарх Константинопольского патриарха в Западной Руси св. Никифор Кантакузин, чьими трудами главным образом и был проведен православный Брестский Собор, продолжал свои решительные действия. Прежде всего, он оповестил всех православных об измене митрополита и епископов, призвав впредь им не повиноваться. Экзарх также сообщил обо всем происшедшем в Стамбул, где в это время Константинопольской кафедрой управлял в качестве местоблюстителя Мелетий Пигас, Александрийский патриарх. Мелетий признал и одобрил деяния Брестского православного Собора, о чем уведомил в апреле 1597 г. князя Острожского. В августе того же года патриарх Мелетий писал Гедеону Балобану о необходимости созвать Собор и избрать на нем новых митрополита и епископов - взамен отпадших в унию. До того времени, когда это будет совершено, Мелетий назначал для православных Речи Посполитой трех экзархов - епископа Львовского Гедеона, архимандрита-грека Кирилла Лукариса и князя Константина Острожского. Мелетий также подчеркивал ту исключительную роль, которую сыграл Никифор Кантакузин в деле организации православных для отпора проискам униатов. Патриарх Александрийский выражал свою озабоченность дальнейшей судьбой Экзарха Никифора и других греков и просил православных Речи Посполитой принять все меры, чтобы уберечь их от репрессий со стороны короля.
У патриарха Мелетия были все основания опасаться за судьбу Никифора, так как король Сигизмунд в целях обеспечения беспрепятственного распространения унии в Речи Посполитой издал указ, которым повелевал всем православным грекам, не являющимся его подданными, покинуть территорию Польского королевства. Опасаясь гонений, Западную Русь вскоре покинули экзарх Кирилл Лукарис, митрополит Лука Белградский и афонские архимандриты - участники православного Брестского Собора 1596 г. Один лишь бесстрашный Никифор Кантакузин, не убоявшись угроз короля, остался среди православных русинов Речи Посполитой.
К сожалению, несмотря на все имеющиеся правовые основания, воплотить в жизнь начертанную патриархом Мелетием программу было невозможно. Король принял сторону униатов, а потому, невзирая на юридическую сторону дела, решительными административными мерами стремился водворить Брестскую унию в пределах Речи Посполитой. Сигизмунд III воздвиг яростное гонение на православных, целью которого было не допустить восстановления полноценной церковной организационной структуры в Западной Руси. На стороне православных было право, однако они были практически бессильны против католического государственно-административного аппарата.
В феврале-марте 1597 г. в Варшаве собрался Генеральный сейм Речи Посполитой, на котором православные выразили решительный протест против Брестского униатского беззакония. Православные послы сейма заявили, что не приступят к обсуждению каких-либо вопросов до тех пор, пока не будут гарантированы свобода исповедания православной веры и права не подчинившихся Риму священнослужителей. Особенно решительно выступили на сейме православные магнаты - князь Острожский и Гулевич. Однако в ответ на их протестации канцлер Сапега заявил, что унии желали все, а смуту учинил один только Никифор Кантакузин. В связи с этим от Острожского, во владениях которого находился Экзарх, потребовали представить его на сейм, дабы учинить над ним королевский суд. Католики, вполне справедливо полагавшие, что одним из главнейших препятствий на пути к триумфу унии является именно Никифор, горели желанием отомстить ему. Устранив столь опасного противника, можно было надеяться на больший успех в деле насаждения унии.
Однако Никифор не видел за собой никакой вины и потому спокойно явился на сейм 10 марта 1597 г. Но католики нашли зацепку для того, чтобы привлечь Никифора к суду и погубить его. Повод к судебному преследованию экзарха дали следующие обстоятельства. Некий слуга Константина Острожского - Ян Волошанин - был отправлен князем в Валахию для покупки турецких коней. В имении польского гетмана Яна Замойского Шаргороде посланец Острожского, будучи пьяным, обронил свою сумку, в которой оказались четыре написанных по-гречески письма некоего монаха к своим родным и знакомым, проживавшим в Османской империи. Письма доставили Замойскому, которого весьма заинтересовало содержание писем. В одном из них говорилось: "Хищные волки, то есть псы ляхи, принуждают наших христиан на свою папежскую веру и бьются между собой, уже их до двадцати тысяч полегло". В ином письме грек отмечал: "Але наш цесарь, Бог дай, был здоров, если бы он хоте на Польшу, теперь бы самое время".
Гетман Замойский, несмотря на то, что Никифор когда-то спас ему жизнь, проявил по отношению к нему черную неблагодарность. Симпатизируя делу Брестской унии, Замойский, к тому же находившийся в личной вражде с Острожским, решает использовать анонимные письма как повод для репрессий против Никифора, объявленного без всяких на то оснований автором этих посланий. С помощью обвинений экзарха в шпионаже в пользу Турции можно было представить перед королем в весьма невыгодном свете и самого князя Константина.
Св. Никифор прибыл в Варшаву, где начались судебные слушания. Экзарх и его защитники на суде категорически отвергли обвинение в шпионаже. Тогда Никифору были предъявлены еще более обширные обвинения, изложенные по пунктам. К шпионажу в пользу турок добавили нелепые, но крайне опасные обвинения в убийстве, чернокнижии и даже прелюбодеянии с матерью султана. Впрочем, все это выглядело столь неубедительно, что было очевидно: никаких серьезных улик против Никифора у короля нет.
Экзарх подробнейшим образом рассмотрел все пункты возводимых на него обвинений и дал на них опровержение. Судьи так и не смогли найти в действиях Никифора ничего, за что его можно было бы привлечь к ответственности. После триумфальной речи Никифора в свою защиту участники судебных слушаний покинули зал заседаний и собрались в помещении, где ожидал исхода королевского суда и князь Острожский. Сюда же вышел король Сигизмунд III. И тогда у старого князя, очевидно, произошел нервный срыв, причиной которого стали все пережитые православными горести и жестокое унижение, которому Острожский подвергся лично во время суда над св. Никифором. Князь Константин в своей гневной речи обрушился на короля-утеснителя православных, "отца Брестской унии". Но, к сожалению, чувство оскорбленного самолюбия магната в душе Острожского затмило все. Взорвавшись яростной речью, обращенной против короля, Острожский в приступе гнева произнес слова, которые по сути обрекали Никифора на смерть: "Оставляю вам эту духовную особу, а крови его на Страшном суде Божием искать буду". Князь покинул королевский дворец. Сигизмунд послал за Острожским вдогонку его зятя - виленского воеводу Радзивилла - с приказом во что бы то ни стало вернуть разъяренного старца. Радзивилл от имени короля даже обещал Острожскому, что Никифор будет освобожден. Но в запале из уст князя Константина вырвалось: "Пусть себе и Никифора съест". Вслед за этим Острожский выехал из Варшавы в свои владения.
Теперь защитники унии могли бессрочно держать Никифора в заточении, не смущаясь отсутствием доказательств его вины - бунт Острожского против Сигизмунда и его фактический отказ от защиты Никифора давали королю и судьям-католикам возможность действовать без оглядки на могущественного православного магната. Теперь, чтобы тихо и без огласки погубить Никифора, достаточно было лишь объявить, что его будут содержать под стражей до тех пор, пока не будут найдены новые улики.
Вскоре Никифора перевели в одну из самых надежных тюрем Польши - бывший замок Тевтонского Ордена в Мариенбурге (ныне - Мальборк): бежать отсюда шансов практически не было. В крупнейшем памятнике духовной литературы Западной Руси времени Брестской унии - "Перестороге" - говорится о его гибели в заточении: "А так з сейму ни з чим ся розъехали, а Никифора за вязня в невинности до Мальборку отослали и скилько лет у вязенью держали, наконец аж уморили голодом". Весьма красноречиво о заслугах священномученика Никифора перед Православной Церковью свидетельствует та ненависть, которую питали к нему приверженцы униатства. Показательно в этом плане письмо одного из епископов, низложенных Никифором на православном Соборе в Бресте, - Ипатия Поцея, который писал в 1605 г. к литовскому канцлеру Льву Сапеге о том, как он был лишен сана "изменником Никифором, издохшим в Мальборке". Этот документ также подтверждает факт мученичества св. Экзарха Никифора, уморенного поляками в тюрьме. О мученической кончине архидиакона Никифора свидетельствует и запись в рукописном сборнике XVII в., сообщающая о его смерти"… у Мальборку року 1599".
Подвиг стояния в православной вере вплоть до мученичества, явленный священномучеником Никифором, поразительным образом находит близкие параллели в житиях ряда других святых Православной Церкви, близких ему по времени. Подобно преп. Максиму Греку архидиакон Никифор, также получивший в ренессансной Италии блестящее образование, отвергает соблазн католицизма и секулярной по духу западно-европейской культуры, а затем полагает все свои силы и дарования на служение Православной Церкви Руси. Подобно святителю Марку Ефесскому протосингел Никифор своими решительными и мужественными действиями сорвал происки униатов и свел на нет сговор, затеянный в Бресте изменниками Православия. И наконец, подобно священномученику Ермогену, патриарху Московскому и всея Руси, св. экзарх Никифор явил во образ Христов пример исключительного самопожертвования, засвидетельствованный мученическим подвигом. Причем, поразительным образом совпадают даже обстоятельства мученичества обоих ревнителей Православия - и Экзарх Никифор, и Патриарх Ермоген католиками-поляками были уморены голодом в заточении. Поэтому православные имели все основания почитать Никифора как первомученика Брестской унии. Его местная канонизация была совершена Митрополитом Киевским и всея Украины Владимиром (Сабоданом) во Львове в ноябре 2001 г. по благословению Патриарха Константинопольского Варфоломея и Патриарха Московского и всея Руси Алексия.
После утверждения определений униатского собора в Бресте Сигизмундом III королевские власти начали открытое гонение на православных как противящихся воле польско-литовского монарха. Магистраты городов Речи Посполитой, в которых доминировали католики, ввели дискриминационные меры против не принявших унии: их не только не допускали к должностям в городском самоуправлении, но даже чинили препятствия в занятиях торговлей и ремеслами. Еще хуже было положение крепостных крестьян, принадлежавших панам-католикам или униатам. Их, как и приходских священников церквей, расположенных на господской земле, в приказном порядке обязывали принять унию. Не признавших унию священнослужителей изгоняли и заменяли униатами. Нередко православные храмы передавались католиками-помещиками в аренду иудеям, которые взимали плату за совершение богослужений и треб, а в случае неуплаты денег могли присвоить церковное имущество, в том числе - богослужебные предметы и облачения. Это вызывало возмущение верующих и становилось почвой для роста антисемитских настроений в Западной Руси. Впоследствии в годы Казацких войн XVII в. гнев на евреев-арендаторов выплеснется в многочисленные погромы иудеев, которые вплоть до ХХ века, будут временами вспыхивать на Украине как следствие долгой исторической памяти.
Православные верующие активно протестовали против Брестского беззакония и решительно защищали православную веру. Одним их важнейших средств борьбы с навязываемым народу Западной Руси униатством стала литературная полемика, которая завязалась между православными и католиками вскоре после заключения Брестской унии. Начало ей было положено памфлетом Петра Скарги, который в своей книге тщился доказать, что православный Брестский Собор 1596 г. был незаконным. Такое утверждение основывалось на искаженных экклезиологических принципах католической церкви. С точки зрения католицизма, участие мирян в решении принципиальных вопросов бытия Церкви абсолютно невозможно: это дело иерархии, т.н. "церкви учащей". Поэтому, по мысли Скарги, уния является законной и с необходимостью должна быть принята народом, если большинство епископата во главе с митрополитом вошли в общение с папским Римом. Поборники униатства, сознательно уводя полемику в сторону от догматической проблематики, лукаво заявляли, что уния ничего не изменила в Православной Церкви Западной Руси, ибо полностью сохранила восточный обряд.
Однако православные полемисты нашли весьма действенные аргументы в своем споре с католиками. Прежде всего, православные авторы отмечали, что иерархи, принявшие унию, отступили от своей Церкви и архиерейской присяги, тем более, что сделали это без согласования с клиром, паствой и Восточными Патриархами, за что и были справедливо извергнуты из сана. Наиболее вескую отповедь дал приверженцам унии в своем антикатолическом трактате "Апокрисис" автор, скрывшийся под псевдонимом Христофор Филалет. В действительности это был шляхтич-протестант Бронский (или Броневский), сочувствовавший православным. Вообще в это время между православными и протестантами наметилось сотрудничество, обусловленное необходимостью совместно противостоять натиску католицизма. Так, православные и протестанты в 1599 г. провели общий съезд в Вильне, на котором было решено совместно защищаться от происков католиков. Однако в дальнейшем этот союз постепенно распался, так как протестантизм в Речи Посполитой вскоре сошел на нет.
В "Апокрисисе" острие полемики направлено против католического искажения экклезиологии в клерикальном духе. Здесь подчеркивается принцип царственного священства, к которому призваны все христиане и утверждается не менее значимая, чем у клира, роль мирян в церковной жизни. Тем самым оправдывался православный Брестский Собор и, напротив, выражалось сомнение в правомочности епископов-униатов без народа церковного решать вопрос о воссоединении с Римом. В ответ на "Апокрисис" иезуиты издали свой трактат - "Антиррисис". Однако серьезных аргументов в нем не содержалось: католикам нечего было ответить по существу, поэтому они ограничились нападками на автора "Апокрисиса", открыв его псевдоним и подвергнув осмеянию факт помощи протестанта православным.
Вскоре православные ответили католикам еще одним крупным полемическим сочинением: в 1605 г. Львовское братство издало в своей типографии знаменитую "Пересторогу" (иначе - "Предостережение"), в которой содержалась практически вся истории подготовки, заключения и насильственного внедрения Брестской унии. Затем в 1610 г. был издан знаменитый "Тренос" или "Плач Церкви Восточной", написанный талантливым православным писателем Мелетием Смотрицким. Это было красочное описание бедствий, обрушенным католиками на голову православных. Король Сигизмунд был в такой ярости от этого полемического трактата, что приказал закрыть виленскую типографию, его напечатавшую, а весь тираж книги уничтожить. Мелетий был вынужден скрываться от королевского гнева. К сожалению, впоследствии он был сломлен и перешел в унию.
Большую поддержку оказали православным русинам и единоверцы с Православного Востока. Патриарх Александрийский (впоследствии - Константинопольский) Мелетий Пигас присылал в Речь Посполитую свои грамоты, которыми призывал стоять за православную веру и противиться унии. Поддержало гонимых православных Западной Руси и афонское монашество, среди которого было немало русских. В это время на Афоне подвизался один из самых талантливых духовных писателей Западной Руси - монах Иоанн Вишенский, уроженец Галиции. Характерно, что в своих посланиях на родину он не только выступал против унии и латинства, но и вскрывал те причины, которые во многом обусловили успех униатства. Вишенский, в частности, обличал пороки высшего духовенства, его магнатские нравы и нерадение о делах церковных. Он призывал православную шляхту держаться веры отцов, не прельщаясь западной латинской культурой и привилегиями, получаемыми от короля в обмен за измену своему народу и вере. Вообще для Вишенского характерен призыв к простоте, духовному трезвению, аскезе, который он обращает ко всему народу Руси. Однако такие устремления, характерные для монашеского максимализма Вишенского, изначально во многом были утопичными: противостоять латинянам одной лишь простотой духа уже было невозможно. Понадобится долгие годы, чтобы понять необходимость вооружить православных образовательным потенциалом, равным по силе тому, что имели тогда католики - эту мучительно трудную и подчас неблагодарную культурно-просветительскую работу осуществит св. митрополит Петр Могила, при котором православной Киевской митрополии будет суждено, очистившись в испытаниях, подняться на новую высоту.