Несмотря на бедствия, вызванные введением Брестской унии и насилием со стороны католиков, Православная Церковь в Западной Руси не была уничтожена. Она сохранила свою каноническую полноту благодаря тому, что продолжали свое служение два архиерея, отвергшие унию: Львовский владыка Гедеон Балабан (ум. в 1607 г.) и епископ Перемышльский Михаил Копыстенский (ум. в 1612 г.). Благодаря сравнительно неплохо поставленному в Польше судебному делу им удалось отстоять право оставаться на своих кафедрах несмотря на попытки королевской власти заменить их униатами. Эти епископы фактически руководили духовной жизнью православных Речи Посполитой, поставляя клириков и в те епархии, где епископы уклонились в унию. Если же такой возможности не было по причине происков униатов, то ставленники нередко, перебежав границу, ездили на поставление к молдо-валахским православным архиереям.
К сожалению, из-за препятствий, чинимых властями, епископы Гедеон и Михаил так не смогли поставить новых архиереев на те кафедры, которые оставались, с точки зрения православных, вакантными после низложения епископов-униатов. Огромные трудности возникли у православных епископов даже с поставлением собственных преемников. После кончины Михаила Копыстенского Перемышльскую кафедру захватили униаты. Однако Львовскую епархию после смерти Гедеона Балобана православные в конце концов все же сумели отстоять, хотя и не без хитрости. По сговору с Гедеоном его преемник Евстафий (в монашестве - Иеремия) Тиссаровский обещал королю принять унию и даже произнес униатское исповедание веры, после чего получил от Сигизмунда разрешение занять Львовскую кафедру. Однако перед своей архиерейской хиротонией, совершенной в Валахии, Тиссаровский отрекся от унии и стал, таким образом, новым православным епископом Львовским. После кончины Михаила Копыстенского он почти целое десятилетие оставался единственным православным архиереем Западной Руси.
В отличие от православных униаты, напротив, благодаря поддержке властей сумели хорошо организовать свою деятельность. Особенно активной она стала после кончины в 1599 г. митрополита Михаила Рогозы. На его место был поставлен Ипатий Поцей, который был, пожалуй, единственным среди епископов-организаторов унии, кто радел о ней не из корыстных побуждений, а по идейным соображениям. Поцей стал еще более рьяно насаждать унию, повсеместно изгоняя из храмов и монастырей не признававших папского главенства священников и монахов и поставляя на их место униатов. Особую активность Поцей развил в Вильне, где отнял у православных к 1609 г. все приходские храмы. Изгнав из Троицкого монастыря православное Виленское братство и передав обитель вместе с типографией и школой католикам, Поцей образовал здесь новое братство - теперь уже униатское. По мысли митрополита Ипатия, оно должно было сделаться оплотом греко-католичества в Западной Руси.
И все несмотря на репрессии против православных же число униатов в Вильне оставалось весьма незначительным. Поэтому большинство захваченных приспешниками Поцея храмов пришли в полное запустение и были заброшены (как, например, древнейшая в Вильне Пятницкая церковь), а то и вовсе уничтожены. Некоторые церкви впоследствии были проданы униатами и кощунственно использовались не по назначению (так, кафедральный Пречистенский собор был спустя некоторое время куплен под анатомический театр Виленского университета).
Ипатий жестоко преследовал своих противников. Особую ненависть греко-католического митрополита вызывал такой стойкий борец с унией, как дидаскал братской школы Стефан Зизаний. Поцей ополчился против него с невероятной яростью и добился изгнания Стефана из города. Тем не менее, несмотря на репрессии, православные жители Вильны не покорялись митрополиту-униату. Изгнанные из Троицкой обители братчики основали новый монастырь - Свято-Духов, - а при нем новое братство, которые расположились на той же Остробрамской улице, что и Троицкий монастырь - через дорогу от него. На эту обитель Поцей покуситься не мог, что вызывало его особую ярость, так как Свято-Духов монастырь стоял на частной земле, принадлежавшей магнатам Воловичам. А частную собственность в Речи Посполитой уважали настолько, что даже король не имел права вторгаться в личные владения магнатов.
Настоятелем Свято-Духовой обители стал выдающийся духовный писатель архимандрит Леонтий Карпович, один из главных вождей православных в борьбе против унии. Духовский монастырь стал крупнейшим центром Православия в Западной Руси - он так никогда и не подчинился унии, пережив самые трудные времена в жизни Православия в Речи Посполитой и став основой возрождения Православной Церкви в Литве после ее присоединения к Российской империи.
Активность Поцея в Вильне была столь велика, что в конце концов вызвала взрыв гнева православных против агрессивных действий митрополита-униата. На Ипатия было совершено покушение: православный по вероисповеданию гайдук ударил униатского митрополита саблей, но его спасла толстая золотая цепь - Поцей, защищаясь от удара, лишился лишь двух пальцев на руке, которые впоследствии были положены униатами как реликвия на престоле Троицкой церкви. Гайдука казнили.
По приказу Поцея кампании по захвату православных храмов и монастырей проводились по всей Речи Посполитой. Особенно успешными были действия униатов в тех областях, где православные кафедры были заняты перешедшими в унию архиереями. Даже в отдаленном Киеве, где власть польского короля была достаточно зыбкой, осмелевшие при Поцее униаты заняли Софийский собор. Приверженцы унии пытались захватить и Киево-Печерскую Лавру, но получили отпор от монахов и казаков. Попытка униатов завладеть киевским Михайловским Златоверхим монастырем также не увенчалась успехом.
Ипатий Поцей при водворении унии в Западной Руси не ограничивался одними лишь организационными мерами. Он также известен своими литературными трудами, содержавшими апологию унии. В частности, им была издана книга "Гармония", в которой Ипатий достаточно откровенно заявлял, что уния не является целью сама по себе, но служит лишь средством для перехода к полному латинству. Именно так на униатство смотрели и в Ватикане, где изначально считали греко-католичество чем-то неполноценным и подлежащим постепенному вытеснению римо-католичеством. Аналогичное отношение к унии демонстрировали и польские власти. Для них уния оставалась все той же "холопской верой", какой ранее они считали Православие. Отсюда пренебрежение, с которым римо-католики Речи Посполитой всегда относились к своим собратьям восточного обряда. Кстати, несмотря на свое предательство епископы-униаты так и не получили тех привилегий, на которые надеялись, переходя в унию. В частности, так и остались несбывшейся мечтой униатских архиереев обещанные королем места в сенате. Положение греко-католического епископата в социальной структуре Польского королевства всегда оставалось весьма приниженным в сравнении с тем, которое занимало высшее римо-католическое духовенство.
Ипатий Поцей был весьма озабочен тем, чтобы представить Брестский сговор епископов-униатов как восстановление исторической справедливости. Чтобы доказать, что в 1596 г. была лишь возрождена Флорентийская уния, якобы ранее повсеместно принятая церковным народом Западной Руси, Поцей организовал публикацию документов, нередко полностью или частично подложных, которые должны были убеждать в правоте организаторов унии. Так впервые увидели свет послания в Рим митрополитов Мисаила Пеструцкого, Иосифа Болгариновича и ряд других документов, о подлинности которых историки спорят до сих пор.
Митрополиту Ипатию в его латинизаторской деятельности нужны были грамотные и деятельные помощники. Для того, чтобы обеспечить себе действенную поддержку со стороны униатского духовенства, Поцей решил реформировать немногочисленное греко-католическое монашество, имевшееся в его распоряжении. С этой целью он создал по образцу римо-католических орденов униатский орден монахов-базилиан (или василиан). Свое название они получили от имени св. Василия Великого, правила которого якобы должны были стать основой деятельности ордена. В реальности базилиане в гораздо большей степени руководствовались теми принципами, на которых основывался орден иезуитов. Фактически это и были иезуиты восточного обряда, с самого начала ставшие подлинной "гвардией" греко-католического митрополита и важнейшим орудием латинизации униатов. Даже сегодня базилиане остаются наиболее латинизированной частью Украинской греко-католической церкви и проводниками римо-католического влияния.
Главным помощником Поцея в организации ордена и его первым руководителем в сане протоархимандрита (в латинской традиции - генерала) стал Иосиф Вельямин-Рутский. Он был сыном представителя родовитой московской фамилии Вельяминовых, бежавшего при Иоанне Грозном в Литву. Здесь Иосиф принял латинство и проходил выучку у иезуитов, которые направили талантливого юношу для продолжения образования в Рим. Учеба Иосифа в Риме совпала по времени с заключением Брестской унии, и молодому русину было предложено вернуться из латинства в восточный обряд, оставшись при этом католиком. Иезуиты рано разглядели в Рутском дарования, обещавшие ввиду его преданности папству принести богатые плоды на поприще униатского прозелитизма. Вскоре Иосиф стал настоятелем отобранного у православных виленского Троицкого монастыря. Обитель стала центром базилианского ордена и важнейшей кузницей кадров высшего униатского духовенства. Троицкому монастырю и его архимандриту были подчинены все остальные униатские обители Речи Посполитой, которые отныне были четко организованы в структуру базилианского ордена. Характерно, что подобно римо-католическим орденским монастырям, базилианские также были изъяты из юрисдикции своих епархиальных архиереев. В число базилиан влилось немало римо-католических миссионеров, перешедших на восточный обряд, особенно - иезуитов.
Вельямин-Рутский зарекомендовал себя столь деятельным помощником Поцея, что после кончины Ипатия именно его решено было поставить новым главой униатской церкви. Иосиф был греко-католическим митрополитом в 1613-1637 гг. При нем униатство оказалось в еще большей степени подверженным латинизации, а базилиане заняли в униатской церкви наиболее привилегированное положение. Они руководили делом духовного просвещения - в большинстве униатских монастырей были созданы школы по образцу иезуитских. Лучшие их выпускники получали возможность продолжать учебу в крупнейших католических университетах и коллегиях Западной Европы. В период митрополичьего правления Велямин-Рутского базилиане не только были изъяты из подчинения греко-католическому священноначалию, но и поставили униатских епископов под свой контроль. Назначение епископов и самого митрополита отныне должно было согласовываться с орденским начальством. Фактически базилиане стали управлять всей униатской церковью.
Тем не менее, несмотря на внешнее усиление униатской церкви, сопровождавшееся яростными гонениями на православных, число приверженцев унии было невелико. Повсеместно православные боролись за сохранение своих прежних прав. Причем, специфика польской государственности давала им ряд преимуществ. Так, православные активно использовали те элементы парламентаризма, которые существовали в Речи Посполитой, прежде всего - трибуну сейма, а также принцип свободы вероисповедания, законодательно закрепленный со времен Сигизмунда II Августа. После неоднократных попыток поставить на сейме вопрос о незаконности униатской иерархии и ее антиправославных действий православные депутаты в 1606 г. потребовали от сейма кассации Брестской унии в целом. Пойти на столь радикальную меру сейм, разумеется, не мог. Однако на сейме было постановлено, что и православное, и униатское вероисповедания должны сосуществовать в Речи Посполитой, взаимно уважая гражданские права и не уничтожая друг друга. Такое постановление сейма было на пользу православным, т.к. лишало лидеров унии возможности говорить от имени всех русинов, утверждая себя в качестве единственно законной иерархии и церкви восточного обряда в Речи Посполитой, а не принявших унии квалифицировать как раскольников. Но ощутимых перемен в положении Православной Церкви сеймовое постановление так и не принесло: на практике католики не желали с ним считаться и по-прежнему продолжали гонение на православных.
Все же несмотря на слабую результативность сеймовой борьбы православные вновь и вновь прибегали к этому средству защиты своих прав. По крайней мере, этим способом они могли сделать достоянием гласности творимые католиками бесчинства. Так, особую известность приобрело выступление православного депутата Лаврентия Древинского на сейме 1620 г. В своей речи этот волынский шляхтич, в частности, отмечал: "Уже в больших городах церкви запечатаны, церковные имения расхищены, в монастырях нет монахов, там теперь запирают скот. Дети мрут без крещения. Покойников вывозят из городов без погребения, как падаль. Мужья с женами живут без церковного благословения. Народ умирает без причащения. Во Львове неуниат не может приписаться к цеху. К больному нельзя открыто идти со Святыми Тайнами. В Вильне тело православного покойника нужно вывозить из города только в те ворота, в которые вывозят нечистоты…". Повсеместно иезуиты и базилиане науськивали на православных католическую молодежь - учеников своих коллегиумов и школ, которые устраивали беспорядки в православных храмах и погромы в русских кварталах городов Речи Посполитой.
К сожалению, несмотря на то, что в численном отношении православные многократно превосходили униатов, среди противников унии становилось все меньше людей влиятельных и знатных, способных оказать действенную помощь Православной Церкви. Старые магнаты-защитники Православия постепенно уходили из жизни. В 1608 г. угас тяжело переживший Брестское предательство князь Острожский, дети которого стали католиками. Их судьбу разделило большинство магнатских и шляхетских фамилий Западной Руси, отпрыски которых переходили чаще всего даже не в унию, а сразу в латинство, привлеченные карьерными соображениями и соблазнами западной культуры. Западно-русская аристократия стремительно полонизировалась и переходила в стан врагов своего народа.
В то же время на смену православной шляхте пришла новая сила, способная вступиться за Православие, - казачество. Свободные воины, большая часть которых происходила из числа беглых холопов, спасавшихся в южных степях от панского произвола, - эти люди с одной стороны постоянно составляли оппозицию польскому королевскому правительству, а с другой - были ему необходимы для защиты юго-восточных рубежей Речи Посполитой от набегов татар и турок. Использовали поляки казаков и во время военных действий в Московском государстве в период Смутного времени. Заинтересованность властей в казачьем войске давала казакам возможность легализовать свое положение и сделать его достаточно стабильным. К началу XVII в. часть казачества прямо перешла на службу к королю и составила т.н. "Реестровое казачество", возглавляемое гетманом. Упрочение положения казачества, твердо стоявшего в Православии, делало его надежной защитой для Православной Церкви. В начале XVII в. возглавляемые гетманом Конашевичем-Сагайдачным реестровые казаки активно вступались за права Православной Церкви, неизменно ставя перед правительством как одно из условий своей службы королю требование соблюдать права православных. Правда, правительство Речи Посполитой считались с позицией казаков лишь на тех восточных землях государства, где власть Польши была слаба, а казачество, напротив, представляло наиболее влиятельную силу. По сути именно братства и казачество становятся с начала XVII века теми главными институтами, благодаря которым Православие в Западной Руси смогло не только выжить, но и организовать сопротивление унии, возродить полноценную духовную жизнь.