Люблинская уния, по оценке Кояловича, была первым шагом в изменении развития ВКЛ, которое было русским по своему влиянию. Такое превращение, гворит Коялович, не могло быть лёгким, так как требовалось изменить православную веру и язык. По мнению Кояловича, даже в начале XVI в. при Сигизмунде Справедливом положение православных очень напоминало положение христиан в Турции.
Именно Люблинская уния «широко открыла двери» полякам, которые двинулись «широким потоком» на украинские земли, неся с собой католическую веру и «пренебрежительный взгляд на все русское», православное.

В своей исследовательской работе он вновь вернулся к истории Брестской церковной унии. В 1873 г. докторское сочинение Кояловича - “История воссоединения западнорусских униатов старых времён (до 1800 г.)” - было напечатано. Хронологические рамки работы были невелики: они охватывали XVII и XVIII вв. Однако по глубине затронутых проблем, разнообразию источников, вводимых в научный оборот, по степени аргументированности выводов это исследование не утратило своего научного значения и сегодня. Оно является ценнейшим изданием по истории Брестской церковной унии. Коялович был первым историком, который обратил внимание читателя на эволюцию унии, заключающуюся в ее латинизации.
Римский папа никогда не покидал мысли об обращении православного русского народа в римо-католичество. Время и опыт показали, что такое обращение не только трудно, но и невозможно так велико было различие между православием и католичеством. Поэтому в Риме стали приходить к мысли подготовить переход в католичество путем различных уступок православным. На этой почве созрела у католиков мысль об унии.